清華附中是老牌名校，不過一直在進行改革，經歷多次重組、拆散，其組織機構有些混亂。除本部外，還有成立于1978年，專門面向清華教職工子女進行初中教育的清華第二附屬中學。二附于1999年并入清華附中，改向全民招生。另一個常被混淆的-概念是清華大學附屬實驗學校，其性質為民辦公助，與清華附中并不相同，但兩者共用一個校園，共享相同的教師資源，就連班級序列也相鄰，頗有一校兩制意味。

清華附中初中部有15名學生位列2017年中考成績榜前100名，全校文化課平均分為503分，2016年中考文化課平均分更是高達515分，兩度超越龍頭老大人大附中。清華附中在中考中屢有突出表現，得益于獨特的選拔、分配機制，其點招路徑為水木龍華，與清華實驗學校相同，但入籍附中的學生僅為實驗學校招生人數的的1/2至2/3，大部分是超一流學霸，因此中考中常有突出表現。

清華附中的班形設置不太穩定，近幾年非常多變。1998年清附開始嘗試“一條龍計劃”，2009年起校方正式啟動“龍班”招優，推崇初、高中教學無縫銜接，直通大學教育，對升學考試也有弱化傾向，初中畢業考試中只要過線就可繼續保送高中“龍班”。不過最近幾年，“龍班”的說法似乎已經銷聲匿跡，這與政策導向不無關系。2014年北京市教委明令禁止各校在義務教育階段分設重點班，清華附中在當年取消了分班考試，龍校點招名額、政策也受波及，此舉廣受批評。不過嚴選擇優是“精英”教育模式不可逾越的障礙，2013年末清華附中開始積極推行“創新實驗班”，可視為“龍班”的精神延續，如今初一入學階段的分班考試也開始卷土重來。

除創新實驗班外，清華附中還有馬約翰體育特長班和美術特長班。兩類特長班每年招生數僅在20名左右，不過班級實力不容小視。體特班創立至今已向清華、北大等高校輸送400多名學生運動員，附中的男子籃球隊在全國聯賽斬獲“十連冠”也與馬約翰體特班有很大關系。美術特長班累計有100多名畢業生通往清華美院，這一數字看似單薄，其實充滿含金量。美術特長班在2003年才開始招生，至今僅有10屆畢業生，足見校方有深厚的加工能力和成熟的篩選機制。

清華附中配置了海淀區頂尖的師資力量。近300名教職工中半數擁有副高級職稱，在海淀區內其骨干教師人數為20位，學科帶頭人達25位，其中的五名教師還身兼北京市學科帶頭人。清華附中至少在2014年開始對教材進行改革，原版國家課程被壓縮、發散，形成了以基礎、拓展、研究為核心的三層次課程教材。

清華附中校風頗受清華大學影響。附中校訓為“自強不息，厚德載物”，與清華大學相同。為貫徹“為祖國健康工作50年”的口號，附中早在1960年代就開始組建長跑隊，不過這一校園特征目前更多體現于體育特長生。

在校園管理方面，附中學生也能嶄露頭角，校方追求“學生自治”。初中、高中生一同參加學生干部培訓大會，班級文化建設主要有學生自己完成。學生會、團委會自主招新，在日常生活中服務同學，管理班級，不過其工作框架會受校方指導，與大學自組織較為相似。

清華附中的課余活動豐富多彩。2016年第二學期，校方放松了對初中生社團組織的管控，2017年新注冊的初中社團數量多達到25個，天文社、中二社悉數開張。能量無限的“科學怪咖”們也能在清華大學“挑戰杯”中大顯身手，清附初中生曾多次在杯賽課外科技作品展覽中受到嘉獎。

清華附中是海淀六小強之一，在“發揮正常”的情況下，其畢業生通常會包攬海淀區中考百強榜中10%-15%的名額。引起成績波動的首要因素或許在于班形不穩定，清華附中有開辦早培班的意圖，不過受到政策制約，其“重點班”的設置時常變動，也使得各屆班級層次不一，清附在招生、管理機制方面也與人大附中有一定差距。有意入學的家長可關注水木龍華，清華附中與清華實驗學校的點招均與之有重大關聯。