北京兒童醫院作為北京地區不多的三級甲等兒科醫院，在兒科領域的經驗和實力相信無人質疑。其兒童眼科于上世紀70年代設立，四十年間從單一門診發展成擁有門診、病房、驗光配鏡中心、弱視訓練等服務的綜合性小兒眼科。北京兒童醫院眼科培養出了不少兒童眼科專家，其中最知名的當屬儼然成為“網絡紅人”的于剛教授（長期擔任該院兒童眼科主任，17年中走出體制建立自己的兒童眼科品牌）。
與成人相比，兒童有著不少特有的眼科病癥，兒童眼科自然就要設立相應的眼疾篩查和診療項目。北京兒童醫院眼科設有淚道專業、斜弱視專業、驗光配鏡專業，特別在小兒斜視、淚道疾病、近視弱視治療、視網膜母細胞瘤針織等方面居國內領先水平。經過技術攻關和臨床積累，該科首創的微創淚道再建手術和專門的眼科震顫治療小組，在淚道疾病和眼球震顫這兩大常見的兒童眼科疾病的診治中，形成了自身的優勢項目，可以說是北京目前相關領域治療經驗和效果最好的科室。值得各位家長注意的是，由于兒童患者，特別是新生兒的特殊性，家長需留意孩子的瞳孔區（俗稱黑眼仁）有否發白，因為許多眼科疾病癥狀表現為白瞳癥，如先天性白內障、一些先天性眼底疾病、眼內腫瘤等，會嚴重影響視力。因此一旦發現瞳孔發白，請立即帶孩子到正規的眼科醫院（兒童眼科為佳）進行篩查和診治。
在于剛離職后，李莉和吳倩擔任該院兒童眼科的正副主任。兩位教授在小兒弱視、斜視病癥中有著豐富經驗，對一些復雜斜視、麻痹性斜視有著獨到見解，屬于業界學界的權威。吳倩教授還擅長于一些兒童/青少年青光眼、白內障的診治以及高度近視驗配、矯正。兩位教授名聲在外，每日的預約號基本爆滿，條件允許的患者可嘗試在周一（李莉）、周三（吳倩）的眼科特需門診中掛號。
北京兒童醫院門診樓建成較久，空間狹小，加上患者量頗大，顯得擁擠，這種感覺在與耳鼻喉科共用樓層的眼科中尤為明顯。另外，該院眼科擁有一個配鏡中心，以Ok鏡、近視鏡、各類斜弱視矯正眼鏡為主，價格自然比市面上的配鏡品牌要高，但勝在能與檢查診治銜接，質量有保障。
