作為廣州乃至華南地區最專業的兒童醫療機構，市婦女兒童醫療中心兒童眼科的綜合實力在本地也是首屈一指，在兒童眼科的主要診療、篩查領域，已達到國內先進水平。2007年，該院與致力為各國眼病患者恢復光明的國際NGO奧比斯進行合作，成立“廣州市兒童眼病防治中心”，在本地兒童眼科醫療領域擁有較大優勢。 屈光不正是青少年最常見的眼科疾病，由于兒童對視物清晰與否尚無明確概念，不適當地佩戴眼鏡容易加深孩子的病癥，損害視力，而市婦女兒童醫療中心眼科與其他驗光機構相比，更注重結合兒童發育的特點，在預防兒童弱視等眼科疾病中有著更豐富經驗。同時該院也建立了廣州市內最大的兒童弱視集中治療中心，每年治療的弱視患兒多達數千人，配套設立的雙眼視覺訓練中心則為頑固病癥的偏中心注視、立體盲的患兒，提供華南地區最為專業與完善的醫療服務。 2004年開始，廣州市兒童醫院眼科成立了“廣州市早產兒視網膜病變篩查中心”，自發研制的“計算機輔助雙目間接檢眼鏡及計算機成像技術”，配合國際先進的RetcamII等篩查儀器，為數千名早產兒進行篩查，并對百余例早產兒視網膜病變進行了手術治療，收獲良好的治療效果和患者聲譽。另外，淚道阻塞是困擾不少嬰幼兒的眼科疾病，市婦女兒童醫療中心兒童根據患兒年齡及病情，靈活采用手法按摩、淚道沖洗、淚道探通、淚道手術乃至淚道植管手術等治療方案，每年有近萬例的淚道病患兒得到治愈，相關好評經常見諸于新生兒網絡論壇。 醫師方面，項道滿是該院眼科主任，也是當之無愧的學術帶頭人，亦是中華眼科學會廣州分會副主任委員，對于兒童眼部畸形、先天性白內障、復雜斜視早期診斷等較為艱深的兒童眼科疾病擁有豐富經驗，門診號經常一票難求。 由于珠江新城院區建成較晚，環境設備各方面較新，患者掛號、候診時較少出現過于擁擠的情況。不過該科室停止掛號的時間要比其他科室早，患者就診時間最好不要超過下午4點，以免白走一趟。